Le Festival est devenu au fil des ans une escale très prisée des grands noms de la musique ancienne, et une manifestation emblématique pour la région.

Evènement nomade, le Festival a pour vocation de mettre en valeur le patrimoine de la région. Chaque édition est construite à partir d’un choix de lieux adaptés à la musique qui y sera rejouée, stalles de la Cathédrale, églises, chapelle, musée…Il est aussi un lieu de découvertes de jeunes talents, Geoffroy Jourdain, Marc Mauillon, Philippe Jaroussky…

Depuis 2005, le Festival de Musique du Haut-Jura fait partie du REMA (Réseau européen de musique ancienne), regroupant soixante-dix membres issus de vingt pays européens.